1495年2月，當(dāng)時(shí)的阿伯丁主教威廉·艾爾芬斯通受蘇格蘭國(guó)王詹姆士四世差遣，到羅馬求見(jiàn)教皇亞歷山大六世，希望教皇御許于阿伯丁老城區(qū)(OldAberdeen)成立一所大學(xué)，稱國(guó)王學(xué)院(King‘sCollege)。教皇在1495年2月6日與艾爾芬斯會(huì)面，在細(xì)細(xì)詢問(wèn)過(guò)為何要于阿伯丁成立大學(xué)、以及財(cái)政方面如何維持之后，覆以教皇訓(xùn)令(PapalBull)，阿伯丁大學(xué)正式成立。大學(xué)在剛成立的時(shí)候一共只有36名教師和學(xué)生。
1497年，大學(xué)設(shè)立了世界上第一個(gè)講英語(yǔ)的醫(yī)學(xué)教學(xué)職位，同時(shí)成立了英語(yǔ)系國(guó)家第一所醫(yī)學(xué)院。大學(xué)主要為蘇格蘭北部培養(yǎng)醫(yī)生、教師和牧師，并為當(dāng)時(shí)的蘇格蘭政府培養(yǎng)律師和管理人才。
1593年，第五代馬修伯爵喬治·基斯在南面阿伯丁的新城區(qū)中心地區(qū)創(chuàng)立了阿伯丁大學(xué)校園第二所的大學(xué)馬修學(xué)院(MarischalCollege)。
1860年，兩所學(xué)院根據(jù)英國(guó)議會(huì)通過(guò)的“1858年蘇格蘭大學(xué)法案”(Universities(Scotland)Act1858)合并，正式稱為阿伯丁大學(xué)。法案還同時(shí)規(guī)定大學(xué)的校齡從國(guó)王學(xué)院起算，因而是蘇格蘭第三和英國(guó)第五老的大學(xué)。之前的四所大學(xué)按建校時(shí)間先后順序分別是牛津大學(xué)、劍橋大學(xué)、圣安德魯斯大學(xué)和格拉斯哥大學(xué)。
合并后的國(guó)王學(xué)院校址主要教授人文藝術(shù)和神學(xué)，而馬修學(xué)院所在地主要教授醫(yī)學(xué)和法律。1892年，新的科學(xué)院在馬修學(xué)院內(nèi)建立。1894年，大學(xué)第一批女學(xué)生入學(xué)。
1950年，大學(xué)大量增加招生，馬修學(xué)院由于地處阿伯丁市中心，逐漸無(wú)法容納越來(lái)越多的師生。除醫(yī)科外，大學(xué)的主要授課地點(diǎn)逐漸往北面的國(guó)王學(xué)院原址遷移。馬修學(xué)院主要只作為藝術(shù)博物館和學(xué)生畢業(yè)的大禮堂之用，而其古老優(yōu)美的建筑風(fēng)格也是阿伯丁市中心的旅游景點(diǎn)之一。
2000年在2001年阿伯丁區(qū)的北部教育學(xué)院合并，教育系于同年成立。在2003年大學(xué)做出內(nèi)部重組，之前五個(gè)學(xué)系重組成三個(gè)學(xué)院。學(xué)院內(nèi)的小學(xué)院，如商學(xué)院等亦于同年成立。
2006年，在2月大學(xué)與阿伯丁市地區(qū)政府達(dá)成協(xié)議，將馬修學(xué)院租給阿伯丁市地區(qū)政府作為辦公室使用，年期為175年，阿伯丁市地區(qū)政府會(huì)一次付出四百七十萬(wàn)英鎊作為租金。大學(xué)作出一連串大規(guī)模投資，為未來(lái)作出準(zhǔn)備。大學(xué)在未來(lái)十年將會(huì)使用2.3億英鎊來(lái)提升學(xué)校的設(shè)備。投資項(xiàng)目包括醫(yī)學(xué)大樓，圖書館，體育中心等等。大學(xué)更成立了一系列的“第六世紀(jì)獎(jiǎng)學(xué)金”并在各科增聘了多位教授。