截止2007年，大學主體由7個系，1個學院和1個研究所組成：
科學系（lafacultédessciences）
醫(yī)學系（lafacultédemédecine）
文學系（lafacultédeslettres）
經濟與社會科學系（lafacultédesscienceséconomiquesetsociales）
法學系（lafacultédedroit）
神學系（lafacultédethéologie）
心理學和教育學系（lafacultédepsychologieetdessciencesdel'éducation）
翻譯學院（Écoledetraductionetd'interprétation）
建筑學研究所（Institutd'architecture）
大學的從屬學院還包括八個系屬學校和跨系別研究中心：
法語文化及語言學校（Écoledelangueetdecivilisationfrançaises）（文學系下屬）
體育教育學校（Écoled'éducationphysiqueetdesport）（醫(yī)學系下屬）
大學信息中心（Centreuniversitaireinformatique）
大學人口生態(tài)學及環(huán)境科學中心（Centreuniversitaired'écologiehumaineetdessciencesdel'environnement）
大學能源問題研究中心（Centreuniversitaired'étudedesproblèmesdel'énergie）
老年問題中心（Centreinterfacultairedegérontologie）
宗教改革史研究所（Institutd'histoiredelaréformation）
日內瓦大學歐洲中心（Instituteuropéendel'universitédeGenève）
以下獨立學院也依托于日內瓦大學：
高級國際關系及發(fā)展學院（Institutdehautesétudesinternationalesetdudéveloppement），2008年由原國際高等教育學院（Institutdehautesétudesinternationales）和國際發(fā)展學院（Institutuniversitaired’étudesdudéveloppement）合并而成
Bossey神學院（Institut?cuméniquedeBossey）
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